Annak érdekében, hogy segítsék a kormányokat és az orvosszakmát az új variánsok felismerésében és a gyors reagálásban, az Oxfordi Egyetem és az Oracle egy globális kórokozó-elemző rendszert (Global Pathogen Analysis System, GPAS) hozott létre, amely egyesíti az Oxfordi Egyetem kórokozó-adatokat elemző platformját (Scalable Pathogen Pipeline Platform, SP3) az Oracle felhőalapú infrastruktúrájával (Oracle Cloud Infrastructure, OCI).
„Eme hatékony új eszköz világszerte segíteni fog a kutatóintézetek, közegészségügyi szervezetek, egészségügyi szolgáltatók és diagnosztikai vállalatok szakembereinek, hogy még mélyrehatóbb ismereteket szerezzenek a fertőző betegségekről, kezdve a koronavírussal” – nyilatkozta Derrick Crook, az Oxfordi Egyetem mikrobiológia professzora. Hozzátette: a globális kórokozó-elemző rendszer segít létrehozni egy globális közös szabványt az új vírus adatainak összegyűjtéséhez és elemzéséhez, valamint a közegészségügyet fenyegető egyéb mikrobiális veszélyekhez.
Ez új szintre emeli a kórokozókkal kapcsolatos adatok feldolgozását.
Az eredetileg tuberkulózis-kutatáshoz létrehozott SP3-t jelenleg a SARS-CoV-2 vírus szekvenciaadatainak egységesítésére, standardizálására, elemzésére és összehasonlítására használják – ezzel eredményezve annotált genomszekvenciákat és azonosítva új variánsokat. Az SP3 feldolgozási kapacitását az Oracle új fejlesztése növeli, amely biztosítja a magasszintű teljesítményt és védelmet, valamint az SP3 rendszer elérhetőségét a nap huszonnégy órájában az Oracle Cloud szolgáltatásban. Az SP3 rendszer átfogó és szabványosított COVID-19 elemzéseket lesz képes nyújtani nemzetközi szinten, a benyújtást követő néhány percen belül. Az eredmények biztonságos körülmények között kerülnek megosztásra szerte a világon.
Az Oracle Cloud kiterjedt gépi tanulásával felszerelkezve az együttműködő tudósok, kutatók és kormányok világszerte először dolgozhatnak fel, elemezhetnek, vizualizálhatnak és hozhatnak létre akciótervet a COVID-19 kórokozókra vonatkozó adatok széles gyűjteményét használva. Ez magában foglalja a mutánsok azonosítását és azok lehetséges hatását a vakcinára és a kezelés hatékonyságára. A rendszer adatelemző felülete megmutatja például, hogy mely specifikus törzsek terjednek gyorsabban mint mások, és vajon a genetikai jellemzők hozzájárulnak-e a fokozott fertőzőképességhez és az oltóanyagoknak való ellenálláshoz. Az Oxfordi Egyetem már most feldolgozta a világ SARS-CoV-2 szekvenciájának felét, összesen több mint ötszázezret.
(Forrás: Oracle, Fotó: Unsplash/Fushion_Medical_Animation)